مسجد و مدرسه چهل ستون در بافت بازار ( بازار بالا ) در ضلع جنوب شرقی مسجد و مدرسه جامع ( سید ) در راسته معروف به راسته حجت الاسلام قرار دارد. این مسجد دومین حوزه علمیه و معتبر در شهر زنجان بعد از مسجد و مدرسه جامع محسوب می گردد.
مسجد و مدرسه چهل ستون دارای صحن و شبستانهای بزرگی است که طاق و تویزه های ضربی آن بصورت زیبا و متقارن بر روی 32 ستون قطور استوار گشته ، تعدد و کثرت ستونها موجب شده که این بنای مذهبی و فرهنگی در میان مردم به مسجد و مدرسه چهل ستون معروف و مشهور گشته است. مسجد و مدرسه چهل ستون که یکی از مهمترین و معروفترین حوزه های علمیه ایران در دوره قاجار مي باشد. طبق کتیبه‌ای که بر روی پیشانی ورودی بنا نصب شده این بنای مذهبی و تاریخی به سال 1284 هجری قمری ساخته شده است.
صحن و شبستانهای بسیار فراخ این مسجد بیانکر دوران شکوفایی و رونق معنوی آن در زمانی نه چندان دور می باشد مسجد و مدرسه چهل ستون که از نوع مساجد با سبک و سیاق چهل ستونی است در نمای داخلی دارای پوشش گچ کاری شده است و محرابش که با رسمی بندی و کاشی معقلی آرایش شده و ازاره های آن نیز مزین به کاشیهایی با طرحهای گل و بوته ( طرح گلدانی ) متاثر از مکتب کاشیکاری دوران قاجار است.
