مسجد جامع نایین بیش از هزار سال است که چون گوهری نایاب و پرآوازه، آرام و نجیب در دل کویر قامت برافراشته است. این مسجد را به روایتی (تاییدنشده) نخستین مسجد بنا شده در ایران و شبیه‌ترین به مسجد پیامبر در مدینه می‌دانند. معماری بی‌نظیر و نقش‌های آسمانی گچ‌بری‌های بی مانند آن، این مسجد را به سومین مسجد پراهمیت ایران از نظر سبک و تکنیک‌های معماری تبدیل کرده است. روایت‌های متعددی درباره زمان ساخت آن وجود دارد که قدیمی‌ترین آنها ساخت «مسجد جامع نایین» را به دوره‌ی خلافت عمر بن عبدالعزیز در قرن دوم هجری و برخی دیگر به سال ۳۵۰ هجری و حکومت دیلمان منسوب می‌کنند.
چهار شبستان در چهارگوشه حیاط، ستون‌هایی از جنس گِل رس و تک‌مناره‌ای مرتفع در سردر از ویژگی‌های این مسجد است. سه شبستان با عمقی بیشتر در سه گوشه آن و شبستانی با معماری متفاوت و عمقی کم‌تر در گوشه‌ی چهارم قرار گرفته که با توجه به شیوه‌ی معماری، ساخت آن را به دوره‌های متاخر نسبت داده‌اند. عمیق‌ترین و بزرگ‌ترین شبستان، روی بر قبله دارد و محراب خوش‌نقش مسجد را در آغوش گرفته است.
شگفتی‌های بسیاری در ساخت و معماری این بنا وجود دارد که حیرت‌آورترین و کهن‌ترین آنها محراب بسیار زیبای مسجد با قدمتی نزدیک به ۱۰۵۰ سال است. محرابی خیال‌انگیز که گچ‌بری‌های رویاگونه‌اش چشم برداشتن از آن را برای هر بیننده‌ای دشوار می‌کند.
در بالای محراب دو کتیبه، یکی با گچ‌بری و دیگری با رنگ نگاشته شده بر گچ وجود دارد که به خط کوفی مشجر آیاتی از سوره «نمل» و «توبه» بر آن نگاشته شده است.
در میانه‌ی محراب، منبری با چوب منبت‌کاری شده قرار دارد که از شگفتی‌های آن می‌توان به اتصال قطعات و چفت و بست‌های آن اشاره کرد که بدون استفاده از میخ و با تکنیک «کام و زبانه» در یکدیگر تنیده شده‌اند.
در سردر مسجد مناره‌ای زیبا و بلند به نشانه‌ی سفر آدمی از خاک به آسمان بنا شده است که بلندای آن به ۲۸ متر می‌رسد. قاعده‌ی این مناره، هشت‌ضلعی و رخساره‌ی آجری آن جلوه‌ای بی‌مانند در بافت خاکی رنگینِ شهر نایین است. قدمت این مناره به قرن هشتم هجری می‌رسد.
از دیگر شگفتی‌های مسجد سرداب و وضوخانه‌ی آن، حفر شده در دل زمین است که در گذشته آب آن از قنات‌های اطراف تامین شده و از آن برای نوشیدن و وضو گرفتن استفاده می‌شده است.
صحن مسجد با حیاطی در مرکز و ستون‌ها و رواق‌هایی در پیرامون، به سبک شبستانی معروف است که متفاوت از سبک معماری ایوان و گنبد، طراحی شده و دیواره‌ها و ستون‌های گِلی آن به آمیزه‌ای از گچ‌بری‌های بی‌نظیر و چهره‌نگاری‌های خوش‌نقش آراسته شده‌اند.
مسجد جامع نایین در بافت قدیمی این شهر واقع و در سال ۱۳۱۰ در فهرست آثار ملی ایران ثبت شده است و امکان بازدید عمومی از آن فراهم است.
